מפעל הקמת היישובים והתפתחות התשתית העברית בארץ ישראל עומד במוקד החזון הלאומי בעת החדשה, אך חרף מרכזיותו, חלקים נרחבים מהתיעוד המקורי המלווה את תהליכי הבנייה נותרו חבויים מעין הציבור או בארכיוני ענק לא ממוקדים. מטרתו של אתר "חפרפרת" היא להנגיש באופן שיטתי ופתוח רשומות רשמיות, מסמכי ארכיון נדירים וספרות ענפה העוסקים בבניית הישוב היהודי בארץ וביסוסו. במסגרת הפרויקט, יאותרו וירוכזו אלפי תיקים מארכיונים שונים, מוסדות התיישבותיים וספריות, המהווים פסיפס היסטורי ייחודי של התחייה היהודית.
אפשרויות המחקר הבאות מאפשרות נקודות מבט שונות על האוסף. שילוב הכלים יעניק גישה חסרת תקדים לדפי תיעוד, פרוטוקולים ומפות.
הקטלוג כולל מטא-דאטה עבור כל מסמך וספר, בצירוף מילות מפתח נושאיות. כל תיק באתר מפנה לעמוד המקורי של המסמך בארכיון שממנו נלקח, ושם אפשר לצפות במסמך הסרוק ובנספחיו המקוריים.
מטרת חפרפרת היא הנגשה, מחקר וסקירה היסטורית בלבד. כל הזכויות שמורות למנהלי הארכיונים המקוריים.